Die Pfarrkirche in Flaurling begeht jeweils am 20. Juli das Namenstagsfest zu Ehren der heiligen Margareta. Die Verbindung der Pfarre zu dieser Heiligen lässt sich bis ins 14. Jahrhundert zurückverfolgen. 
 
In einer Weiheurkunde aus dem Jahr 1326 wird eine Kapelle zu Ehren der heiligen Märtyrerin Margareta erwähnt. 1508 wurde das Kirchlein durch Pfarrer Sigismund Ris vergrößert. Weitere Umbauten erfolgten 1574 und 1750. Im Jahre 1836 erfolgte eine nochmalige Vergrößerung der Pfarr- und Dekanatskirche. Dabei kam es zu einem Richtungswechsel des Haupteingangs von Westen nach Osten. In den Jahren 1957/58 schuf der Tiroler Künstler Wolfram Köberl ein imposanten Deckengemälde.  2010 wurde die Kirche im Inneren grundlegend saniert und nach liturgischen Gesichtspunkten neu gestaltet. Eine Turm- und Fassadenrenovierung folgte 2012.